الملكة: تتشابه الأعراض كثيراً بين ألم المعدة و ألم القولون بسبب قربهما من بعضهما البعض وتأثير أحدهما على الآخر فكلاهما يسبب ألم بالبطن فهل هذا الألم ناجم عن قرحة المعدة أم عن القولون العصبي ؟
هناك بعض المميزات التي تساعد في التفريق بينهما , علماً أنه لا يوجد ما يمنع أن تتواجد الحالتان مع بعضهما البعض .

 لاالحموضة "حرقة المعدة": تكون مرتبطة أكثر بآلام المعدة وتزول بتناول الأدوية المضادة للحموضة، بينما لا يتأثر القولون بذلك.
انتفاخ البطن: تظهر انتفاخات البطن والغازات بشكل ملحوظ في حالة القولون العصبي.

الألم بعد تناول الطعام: إذا اشتد الألم وصاحبه انتفاخ البطن بعد تناول الطعام مباشرة، يدل ذلك على اضطرابات القولون بينما آلام القولون تزول بتناول الطعام الصحي.
أثناء "الجوع": يسبب الجوع لمدة طويلة آلام المعدة، بينما يشعر مريض القولون براحة أكثر خلال الامتناع عن الطعام.

الضغط العصبي: يزيد الضغط والتوتر العصبي من حدة آلام القولون.
النوم: تظهر آلام المعدة بعد منتصف الليل، بينما تختفي آلان القولون أثناء النوم.